Kompetensi suatu laboratorium penguji dapat dibuktikan dengan penerapan jaminan mutu yang diperoleh secara internal maupun eksternal. Jaminan mutu hasil pengujian laboratorium dapat dilakukan, antara lain dengan berpartisipasi dalam kegiatan uji profisiensi dan atau uji banding antar laboratorium. Uji Profisiensi adalah salah satu etode untuk mengetahui unjuk kerja laboratorium dengan cara uji banding antar laboratorium. Hasil uji profisiensi dapat digunakan untuk mengidentifikasi kompetensi laboratorium dalam melakukan pengujian parameter tertentu.
Pada tahun 2020, UPT Laboratorium Lingkungan Dinas Lingkungan Hidup Kabupaten Gunungkidul untuk pertama kalinya mengikuti program uji profisiensi yang diselenggarakan oleh ERAWaters, yang merupakan salah satu lembaga penyelenggara uji profisiensi laboratorium. Periode pelaksanaan uji profisiensi adalah dari tanggal 1 September sampai tanggal 16 Oktober 2020. Program uji profisiensi yang diikuti adalah pengujian untuk parameter air bersih ( water supply). Dari hasil evaluasi uji profisiensi tersebut, UPT Laboratorium Lingkungan meraih hasil memuaskan dalam kinerja pengujian parameter nitrit, sulfat dan timbal pada air bersih.